Necesitas dar permisos a la carpeta que esta en /var/www/proyecto/modulo/plugin/... etc. Por lo que tienes que darte la lata de abrir una terminal, escribir o copiar y pegar el path para llegar a esa ruta en tu Linux. Y hechas de menos un elemento en el menu del botón derecho que te diga Abrir en un terminal, y que al hacer clic te deje posicionado en esa carpeta. Que alivio si eso existiera. Bueno, existe en el navegador de archivos Nautilus por lo que haz lo siguiente ahora mismo:
Abre un terminal
Escribe sudo apt-get install nautilus-open-terminal
Luego killall nautilus
Abre nautilis navega a una carpeta, da clic en el botón derecho y encontraras un elemento que dice Abrir en un terminal.
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